A bananeira é afetada por várias doenças de causas bióticas e abióticas e por pragas. Destacam-se como doenças mais agressivas a sigatoka-negra (Mycosphaerella fijiensis), o mal do panamá (Fusarium oxysporum f. Sp. Cubense), o moko (Ralstonia solanacearum) e a nematose causada pelo nematoidecavernícola (Radopholus similis). Entre as pragas, destaca-se o Cosmopolites sordidus, conhecido como moleque-da-bananeira. Mycosphaerella fijiensis é o principal ponto de estrangulamento da bananicultura em nível mundial, e F. Oxysporum f. Sp. Cubense tem inviabilizado o plantio da cultivar Maçã em todo o território nacional.